LSF 2-node 構成で LSF クラスタを構築

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LSF 1-node 構成で LSF クラスタを構築 で作った lsf1 に、lsf2 を追加する

ネットワーク構成 †

• /usr/share/lsf をすべてのノードで共有する
• LSF に JOB を投入するユーザは UID/GID を一緒にする
• root ユーザがパスワード無しで相互にログインできるようにする
• (Option) avahi (mDNS) で名前解決をする
  • 今日日、サーバも DHCP で IP アドレスを割り当てて mDNS で名前解決で良いんじゃないでしょうか

[lsf2] 管理ユーザ lsfadmin の作成 †

# useradd -u 600 -g users lsfadmin
# id -a lsfadmin
uid=600(lsfadmin) gid=100(users) groups=100(users)

uid/gid はクラスタ全体で合わせる必要あり

[lsf2] アプリケーションの配備ディレクトリ /usr/share/lsf のマウント †

• mDNS で名前解決をする場合には avahi をインストールする

  # yum install avahi-tools
  # systemctl status avahi-daemon
  
  # firewall-cmd --add-service=mdns --zone=public --permanent
  # systemctl restart firewalld
  
  # avahi-resolve -n lsf1.local
  lsf1.local	fe80::a17f:213d:11b8:a1bd
  # avahi-resolve -n lsf2.local
  lsf2.local	192.168.122.1

• NFSのインストール

  # yum install nfs-utils

• マウント (お試し)

  # mount -v -t nfs lsf1.local:/usr/share/lsf /mnt

• 恒久的にマウント /etc/fstab に追記

  lsf1.local:/usr/share/lsf /usr/share/lsf nfs defaults 0 0
  

[lsf2] 必要なライブラリのインストール †

# yum install java-1.8.0-openjdk ed openssh-server openssh-clients

[lsf1/lsf2] root ユーザが相互にログインできるようにする †

[root@lsf1 ~]# scp -r .ssh/ root@lsf2.local:/root/
[root@lsf1 ~]# ssh-keyscan lsf1.local lsf2.local > ~/.ssh/known_hosts
[root@lsf1 ~]# ssh lsf1.local
[root@lsf1 ~]# exit
[root@lsf1 ~]# ssh lsf2.local
[root@lsf2 ~]# exit

[root@lsf2 ~]# ssh-keyscan lsf1.local lsf2.local > ~/.ssh/known_hosts
[root@lsf2 ~]# ssh lsf1.local
[root@lsf1 ~]# exit
[root@lsf2 ~]# ssh lsf2.local
[root@lsf2 ~]# exit 

[lsf1] LSF cluster1 の再構築 †

• https://www.ibm.com/support/knowledgecenter/en/SSWRJV_10.1.0/lsf_admin_foundations/add_hosts.html
• /usr/share/lsf/conf/lsf.cluster.cluster1 に lsf2.local を追加

  Begin   ClusterAdmins
  Administrators = lsfadmin
  End    ClusterAdmins
  
  Begin   Host
  HOSTNAME  model    type        server  RESOURCES    #Keywords
  #apple    Sparc5S  SUNSOL       1     (sparc bsd)   #Example
  #peach    DEC3100  DigitalUNIX  1     (alpha osf1)
  #banana   HP9K778  HPPA         1     (hp68k hpux)
  #mango    HP735    HPPA         1     (hpux cs)
  #grape    SGI4D35  SGI5         1     (irix)
  #lemon    PC200    LINUX        1     (linux)
  #pear     IBM350   IBMAIX4      1     (aix cs)
  #plum     PENT_100 NTX86        1     (nt)
  #berry    DEC3100  !            1     (ultrix fs bsd mips dec)
  #orange   !        SUNSOL       1     (sparc bsd)   #Example
  #prune    !        !            1     (convex)
  lsf1.local   !   !   1   (mg)
  lsf2.local   !   !   1   (mg)
  End     Host
  
  Begin Parameters
  # LSF_HOST_ADDR_RANGE=*.*.*.*
  # FLOAT_CLIENTS_ADDR_RANGE=*.*.*.*
  # FLOAT_CLIENTS=10
  End Parameters
  

  • !は自動認識を示す
  • (mg)は何の略かよく分からん。インストーラによって設定されるデフォルトの資源名
• /usr/share/lsf/conf/lsf.conf に LSF_SERVER_HOSTS を追加

  LSF_MASTER_LIST="lsf1.local"
  LSF_SERVER_HOSTS="lsf2.local lsf1.local"
  LSF_EGO_DAEMON_CONTROL=N
  
  LSF_RSH="ssh"
  

  • LSF_MASTER_LISTS は、一度決めたら変えちゃダメみたい (LSF_MASTER_HOSTS に複数のマシンを設定可能)
  • LSF_SERVER_HOSTS は、デフォルト値は LSF_MASTER_LISTS と同じ。指定すると、MASTER ではない計算ノードを追加できる。
    ★ LSF_SERVER_HOSTS には、MSATER を最後に追加する。MASTER ではない計算ノードを優先して使うため
  • LSF_RSH="ssh" は 1-node のときにも追加した。LSF はデフォルトでは rlogin/rsh を使うけど、今日日 r 系コマンドのセットアップは厄介だし、セキュリティホールにもなるので SSH を使うようにする

• 計算ノードを増やすのではなく、最初から計算ノードが決まっている場合には、./lsfinstall -f install.config で指定した install.config に LSF_MASTER_LIST, LSF_SERVER_HOSTS を設定すれば良い

[lsf1/lsf2] LSF が通信に使う port の解放 †

$ cat /usr/share/lsf/conf/lsf.conf | grep PORT
LSF_LIM_PORT=7869
LSF_RES_PORT=6878
LSB_MBD_PORT=6881
LSB_SBD_PORT=6882

を開放する

# firewall-cmd --add-port=7869/tcp --zone=public --permanent
# firewall-cmd --add-port=7869/udp --zone=public --permanent
# firewall-cmd --add-port=6878/tcp --zone=public --permanent
# firewall-cmd --add-port=6881/tcp --zone=public --permanent
# firewall-cmd --add-port=6882/tcp --zone=public --permanent
# firewall-cmd --reload

mbatch が有効な場合には 6891/tcp も開放する必要がある。mbatch が有効なときには lsf.conf に LSB_QUERY_PORT=6891 が記載される。

[lsf1] 起動・動作確認 †

# . /usr/share/lsf/conf/profile.lsf 
# lsfstartup 
Starting up all LIMs ...
Do you really want to start up LIM on all hosts ? [y/n]y
Start up LIM on <lsf1.local> ...... done
Start up LIM on <lsf2.local> ...... done

Waiting for Master LIM to start up ...  Master LIM is ok
Starting up all RESes ...
Do you really want to start up RES on all hosts ? [y/n]y
Start up RES on <lsf1.local> ...... done
Start up RES on <lsf2.local> ...... done

Starting all slave daemons on LSBATCH hosts ...
Do you really want to start up slave batch daemon on all hosts ? [y/n] y
Start up slave batch daemon on <lsf1.local> ...... done
Start up slave batch daemon on <lsf2.local> ...... done

Done starting up LSF daemons on the local LSF cluster ... 

# lsid
IBM Spectrum LSF Community Edition 10.1.0.0, Jun 15 2016
Copyright IBM Corp. 1992, 2016. All rights reserved.
US Government Users Restricted Rights - Use, duplication or disclosure restricted by
GSA ADP Schedule Contract with IBM Corp.

My cluster name is cluster1
My master name is lsf1

# lshosts 
HOST_NAME      type    model  cpuf ncpus maxmem maxswp server RESOURCES
lsf1         X86_64   PC6000 116.1     2  1023M   1.9G    Yes (mg)
lsf2.local   X86_64   PC6000 116.1     1  1023M   1.9G    Yes (mg)

# bhosts
HOST_NAME          STATUS       JL/U    MAX  NJOBS    RUN  SSUSP  USUSP    RSV 
lsf1               ok              -      2      0      0      0      0      0
lsf2.local         ok              -      1      0      0      0      0      0

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